El topónimo Femés es de origen guanche, pero de registro bastante tardío. No lo hallamos citado en ningún documento anterior a las erupciones del Timanfaya (1730 a 1736), y es sólo a partir de los informes que el Obispo Dávila manda hacen de los lugares afectados por estas erupciones que aparece el nombre (como Femés, y como Femez) como lugar habitado, sin especificar el número de vecinos, e igualmente otro pequeño núcleo con él relacionado denominado Casitas (de Femés). Unos años más tarde, Antonio Riviere (1741) cita a Femés en varios contextos y por varios motivos: como «lugar de Jaisa» y como lugar en que cada día se situaba una de los varios «atalayas» que distribuidos por toda la isla servían para dar la alarma ante el avistamiento de barcos sospechosos de piratería: el «atalaya» de Femés -dice Riviere- se situaba en su montaña, «la más alta» de la isla, que dominaba «la costa de Janubio, Montaña Roja y el puerto de arrecife». Y, en efecto, la hoy llamada Atalaya de Femés es el punto más alto de toda la zona sur y el segundo de toda la isla, con 608 m.

Son referencias sin duda muy tardías, pues el lugar debió ser de los primeramente poblados tras la conquista, como demuestra el hecho de que disponga de la iglesia más antigua de la isla y que ésta bajo la advocación de San Marcial, el mismo a quien los normandos dedicaron el castillo, la ermita y el poblado que levantaron recién llegados en la costa de Las Coloradas.

Femés fue cabecera de municipio hasta 1950, en que éste pasó a Yaisa. De ahí que en la cartografía militar utilizada por Alvar en su recolección toponímica de 1970 se asignen al «municipio de Femés» multitud de topónimos registrados.

Un hecho literario moderno ha sido, sin embargo, el causante de que el nombre de Femés haya traspasado el conocimiento local e insular, y éste fue la novela Mararía de Rafael Arozarena, publicada en 1973, que ubica en Femés la acción principal de su fábula. Como la novela es una de las mejores que se han escrito en Canarias en la segunda mitad del siglo XX, ha tenido una enorme divulgación, y con ella el nombre de Femés. Y más cuando la novela ha pasado al cine y ha llegado a conocimiento de muchas más gentes.

Por lo demás, el lugar de Femés ha estado siempre «apartado» de todo, en el extremo de un valle cuyas comunicaciones terminaban justamente en él, de ahí el aislamiento extremo en que siempre ha vivido. Ello se ha acabado muy recientemente, con la apertura de una carretera que enlaza el resto de la isla con la zona del Rubicón y de la costa de Las Coloradas y que pasa justamente por Femés atravesando la degollada del lugar.

Sobre el topónimo Femés, de indudable origen guanche, poco se ha podido decir, resumiendo Wölfel (1996: V, 532) que no encuentra para él paralelos en el dominio del bereber. Pero Sosa Barroso (2001: 141), en una interpretación disparatada, dice que procede de la expresión latina Fides mihi est > fede me est > fe me es > Femés, que fue lo que dijeron los 80 aborígenes de Lanzarote al tiempo de ser bautizados por los capellanes de Bethencourt.